Kostel sv. Jana Křtitele prošel do dnešních dnů řadou změn jak v exteriéru, tak v interiéru stavby, a to nejen vlivem času a stavebních úprav, ale i destruktivní silou válek a požárů. Výmluvným svědectvím tohoto procesu je postupné narůstání vrstev omítek, maleb a bílení (Josefík 1980). Z archivních dat a kronikářských záznamů a na základě rozboru vrstev prováděného při průzkumu v 70. letech 20. století lze pro tuto stavbu vyzdvihnout několik důležitých mezníků.
Za husitských válek došlo k prvnímu vypálení kostela i s farou a teprve po skončení bojů byla stavba znovu obnovena. Románské štíty svírající tupý úhel byly přizděny do úhlu ostrého po vzoru nové estetiky a nově byl vybudován krov, který se až na malé zásahy zachoval v původní gotické konstrukci. Z této doby pocházejí i tajemné nálezy v podkroví, kde je na západní stranu románského zdiva štítu vložen obdélný pískovcový kámen s vytesanými písmeny AD (Anno Domini) 1439 se značkou kladiva a s čitelnými písmeny SB, další písmeno je nejasné a následuje písmeno Y. Pokud je datum 1439 správně interpretováno, je pravděpodobné, že jde o dobu dohotovení nového stropu, štítu a krovu. Na protějším východním štítu je rovněž v románském zdivu vložen kámen s reliéfní štukovou korunkou, která je asi 25 cm široká a 8 cm vysoká. Tento znak bývá přirovnáván k podobnému znaku na kameni v kostele v Řezně od Petra Parléře, korunka rovněž připomíná značky Mistra Theodorika, jež byly nalezeny na Karlštejně (Friedl 1956, s. 37), ale přímé souvislosti je prozatím obtížné dohledat. Na půdě kostela se dochovaly i další, méně podstatné, ale přesto zajímavé záznamy, které nás informují o dílčích opravách stavby. Roku 1808 se zvěč¬nila do omítky trojice zedníků, kteří zde pracovali, a po jejich vzoru zanechal v omítce své jméno roku 1925 i pokrývač Turek z Chaber, když na kostele opravoval střechu. Barvou na trámu se podepsal pan Chottaus z Ďáblic, který kostel roku 1899 vymaloval. Na trámu nechal své jméno s datem i dělník Císař A., opravující v dubnu roku 1933 žlaby kostela. V roce 2008 byl proveden průzkum krovu, který potvrdil, že krov nese znaky gotických konstrukcí, ale bohužel prodělal i řadu úprav, těch nejméně citlivých především v 70. letech 20. století. Protože byla konstrukce napadena a dlouhodobě poškozována dřevokazným hmyzem, byl celý krov v roce 2010 z grantu ministerstva kultury opraven.
Obraťme se však zpět do minulosti k událostem důležitým pro historii chaberského kostela. K těm bezesporu patří požár v kostele kolem roku 1500. V klenbě vchodu byla restaurátory zjištěna rozmazaná a zčernalá gotická malba zhruba z tohoto období. Následně po požáru, asi roku 1550, byla dostavěna sakristie s velmi pěknou hřebínkovou klenbou. Původní jsou i dveře do sakristie s renesančním zámkem. U vchodu do kostela byla nejspíš v této době přistavěna předsíň pro uvedení šestinedělek1, upravena byla okna a současně s výstavbou předsíně mohla proběhnout i stavba zvonice. Kostel byl dále v období renesance pravděpodobně dvakrát lidově ornamentálně vymalován.
Stylově se k malbě iluzivního oltáře pojí i fragment sťaté hlavy sv. Jana Křtitele, vymalovaný nad klenbou jižního portálu. Podle restaurátorů, pracujících zde v 70. letech minulého století, do této doby spadá i vznik malby plastického tympanonu nad vchodem do sakristie, kterou však dnes již nevidíme. Jak prokázaly sondy prováděné na různých místech uvnitř kostela, byl kostel malbami zdoben od románské doby přes gotiku, renesanční ornamentální malbu, barokní iluzivní výmalbu až po dekorativní malbu 19. století, kterou nám zachytil dobový snímek. Protože se u románských, ale i gotických maleb v lodi kostela jednalo pouze o malé zlomky výzdoby, restaurátoři je v 70. letech opět zakryli. Oproti tomu důkladně očistili a ponechali odhalenou unikátní románskou malbu v apsidě, které se v jiné části této publikace podrobně věnuje prof. J. Royt.
Mezi další zajímavosti patří to, že v horní části vítězného oblouku byla s největší pravděpodobností podle nálezů otvorů a zbytků románských trámů umístěna kalvárie.
Před rokem 1667 byl do apsidy a nově zrekonstruovaného kostela pořízen i nový hlavní oltář, ze kterého se nám však zachoval jen ořez obrazu oltářního nástavce (dnes umístěný na jižní stěně lodi, vlevo od vchodu). Představuje Salomé přijímající sťatou hlavu Jana Křtitele a byl vytvořen zkušeným a kvalitním malířem. Tento obraz byl v 18. století znovu použit jako oltářní nástavec nového hlavního oltáře, který zde věřícím sloužil až do 70. let 20. století. Tehdy byl rozebrán a nahrazen jednoduchou kamennou tumbou s krucifixem z roku 1867 (kříž byl původně zavěšen na jižní stěně chrámové lodi), aby oltář nezakrýval výhled na cenné románské malby. Obraz Nejsvětější Trojice z rozebraného hlavního oltáře je dnes k vidění na severní straně lodi, ale zlacené bílé postavy Árona a Zachariáše jsou i s anděly, kteří spolu komunikovali a dotvářeli rám celé skladbě oltáře, uloženy v depozitáři pražského arcibiskupství (o jejich odpovídající uložení se zasloužilo roku 2007 Občanské sdružení na ochranu památek v Dolních Chabrech, protože sochy byly do té doby skladovány ve zvonici v naprosto nevyhovujících podmínkách). Z restaurátorské knihy se o hlavním oltáři dále dozvídáme, že byl roku 1912 restaurován V. Kostečkou a do přenosného oltáře, který byl snad součástí oltáře hlavního, vložil sám arcibiskup kardinál Bedřich Schwarzenberg ve své rezidenční kapli roku 1880 ostatky sv. mučedníků Horáce a Cecilie (Laštovička – Josefík 1974, s. 240).
Bohužel ani v 17. století nezůstaly Dolní Chabry stranou válečné vřavy a kostel byl roku 1639 poničen švédským vojskem v čele s vojevůdcem Bannerem. Po švédském vpádu byl kostel pustý až do roku 1651. V archivu Arcibiskupství pražského se dochoval zápis z 15. prosince 1667, podle kterého se dá soudit, že před tímto rokem probíhaly práce na obnově stavby (Dvořák 1945, s. 52).
1 Předsíně pro uvedení šestinedělek se u nás stavěly v lidové architektuře od 16. století a sloužily k církevním obřadům, jako byl např. křest. Od baroka byly předsíně uzavřené a stavěly se uvnitř kostela. Byla nově vybudována kruchta, přeložen krov a snížen strop. Rovněž bylo zvětšeno okno v západním štítu, zřejmě proto, aby měl varhaník více světla (dnešní varhany jsou novodobé, z roku 1904, sestrojené firmou J. Rejna a J. Černý). Ostatní okna byla zúžena přístavbou z cihel a malty. Rovněž došlo k zazdění středního románského okna apsidy a ústupky vítězného oblouku byly zkoseny a ozdobeny kartušemi2. Na západě byl probourán nový hlavní vchod. Zřejmě o něco málo později proniklo baroko do chaberského kostela i iluzivní malbou oltáře na severní stěně lodi. Prostá architektura románské stavby plně vyhovovala ztvárnění, jež mělo oklamat oko vstupujícího. Opticky a perspektivně zpodobněný malovaný oltář je dílem velmi zkušeného malíře, který zde použil techniku čisté fresky s rytou kresbou. Iluzivní sloupová architektura je v nástavci oltáře oživena medailonem zachycujícím smrt Františka Xaverského, mučedníka 16. století. Uprostřed malované architektury samotné je umístěn rokem 1749 datovaný olejový obraz Panny Marie Immaculaty s anděly na kouli světa a na hadovi. V restaurátorské knize je zmínka o tom, že pravděpodobně byl na tomto místě původně umístěn jiný starší obraz malovaný na dřevě, protože se ve zdi pod obrazem zachoval profil zadní strany jiného obrazu (Laštovička – Josefík 1974, s. 235). Přes tyto otazníky je pro nás alespoň datace mariánského votivního obrazu mezníkem vzniku pozoruhodného iluzivního oltáře, před kterým se v minulosti údajně prováděly křty dětí.
Vybavení kostela, kromě nezbytného oltáře, dotvářela vedle drobných předmětů i kazatelna, rovněž rozebraná ve 20. století, dále obrazy křížové cesty, obrazy na plátně z 19. století (Kristus žehná chléb a víno a Křest Krista v Jordáně) a impozantní křišťálový lustr. Architekty minulého režimu zde byly z tohoto výčtu předmětů ponechány jen původní lavice z roku 1761. Mezi záhadné ztráty z let sedmdesátých se dá počítat i zmizení dřevěného městského znaku, který byl zavěšen uprostřed kruchty a podle heraldiků patří Novému Městu pražskému. Jak a kdy se do kostela dostal, zatím nevíme, ale doufáme, že i na tuto otázku se podaří časem najít odpověď.